Cómo crear una parcela forestal en R

Un diagrama de bosque (a veces llamado «blobbogram») se utiliza en un metanálisis para visualizar los resultados de varios estudios en un diagrama.

El eje x muestra el valor de interés en los estudios (a menudo una razón de probabilidades, el tamaño del efecto o la diferencia media) y el eje y muestra los resultados de cada estudio individual.

Este tipo de gráfico ofrece una forma conveniente de visualizar los resultados de varios estudios a la vez.

El siguiente ejemplo muestra cómo crear un diagrama de bosque en R.

Ejemplo: Parcela forestal en R

Para crear un diagrama de bosque en R, primero debemos crear un marco de datos para mantener el tamaño del efecto (o cualquier valor de interés) y los intervalos de confianza superior e inferior para cada estudio:

#create data 
df <- data. marco (estudio = c ('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 índice = 1: 7,
                 efecto = c (-. 4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 inferior = c (-. 43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 superior = c (-. 37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#ver datos
cabeza (df)

  estudio índice efecto inferior superior
1 S1 1 -0,40 -0,43 -0,37
2 S2 2 -0,25 -0,29 -0,21
3 S3 3 -0,10 -0,17 -0,03
4 S4 4 0,10 -0,02 0,22
5 S5 5 0,15 0,04 0,24
6 S6 6 0,20 0,17 0,23
7 S7 7 0,30 0,27 0,33

A continuación, podemos usar funciones del paquete de visualización de datos ggplot2 para crear el siguiente diagrama de bosque:

#cargar
 biblioteca ggplot2 (ggplot2)

#create forest plot 
ggplot (data = gl, aes (y = índice, x = efecto, xmin = inferior, xmax = superior)) +
  geom_point () + 
  geom_errorbarh (altura = .1 ) +
  scale_y_continuous (name = "", breaks = 1: nrow (df), labels = df $ study)

El eje x muestra el tamaño del efecto de cada estudio y el eje y muestra el nombre de cada estudio.

Los puntos del gráfico muestran el tamaño del efecto de cada estudio y las barras de error muestran los límites del intervalo de confianza.

Tenga en cuenta que también podemos agregar un título, modificar las etiquetas de los ejes y agregar una línea vertical con un tamaño de efecto de cero para hacer que el gráfico sea más agradable desde el punto de vista estético:

#cargar
 biblioteca ggplot2 (ggplot2)

#create forest plot 
ggplot (data = gl, aes (y = índice, x = efecto, xmin = inferior, xmax = superior)) +
  geom_point () + 
  geom_errorbarh (altura = .1 ) +
  scale_y_continuous (cortes = 1: nrow (df), labels = df $ study) +
  laboratorios (título = ' Tamaño del efecto por estudio ', x = ' Tamaño del efecto ', y = ' Estudio ') +
  geom_vline (xintercept = 0, color = ' black ', linetype = ' dashed ', alpha = .5 ) +
  theme_minimal ()

Siéntase libre de modificar el tema de la trama para que se vea como desee. Por ejemplo, también podríamos usar theme_classic () para una apariencia aún más clásica:

#cargar
 biblioteca ggplot2 (ggplot2)

#create forest plot 
ggplot (data = gl, aes (y = índice, x = efecto, xmin = inferior, xmax = superior)) +
  geom_point () + 
  geom_errorbarh (altura = .1 ) +
  scale_y_continuous (cortes = 1: nrow (df), labels = df $ study) +
  laboratorios (título = ' Tamaño del efecto por estudio ', x = ' Tamaño del efecto ', y = ' Estudio ') +
  geom_vline (xintercept = 0, color = ' black ', linetype = ' dashed ', alpha = .5 ) +
  theme_classic ()

Recursos adicionales

Cómo crear una parcela forestal en Excel
Una guía completa de los mejores temas de ggplot2

• https://r-project.org
• https://www.python.org/
• https://www.stata.com/