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Actualizado el 24 de mayo de 2022, por Luis Benites.
Diagrama de cinta combinado con bolas y palos tradicionales.
Un diagrama de cinta es una representación 3D de la estructura de una proteína. Es utilizado tanto por biólogos estructurales y químicos como por estudiantes y aquellos con un interés casual en biología molecular.
Los diagramas de cinta también se conocen como diagramas de Richardson, en honor a Jane S. Richardson, quien fue pionera en el concepto y dibujó a mano los primeros prototipos para un artículo de 1981 en la revista Advances in Protein Chemistry . Hoy en día, los diagramas de cinta casi siempre se generan por computadora.
Diagrama de cinta frente a modelo de bola y palo
Los diagramas de cinta tienen una ventaja sobre el otro método comúnmente utilizado para representar estructuras de proteínas (modelos de bolas y palos) porque la estructura terciaria de la molécula es más fácil de rastrear.
También es más fácil reconocer hélices α y hojas β en diagramas de cinta, y si se necesitan más detalles, se pueden agregar con ilustraciones superpuestas de bolas y palos. Por lo tanto, un diagrama de cinta con detalles de bolas y palos ofrece lo mejor de ambos mundos.
Características principales de los diagramas de cinta
En un diagrama de cinta, la columna vertebral del polipéptido se dibuja como una curva suave. Las flechas generalmente se dibujan para mostrar la dirección de la cadena polipeptídica. Las hélices α se muestran como cintas espirales cilíndricas, donde el plano de la cinta seguirá, aproximadamente, el plano de los péptidos. Las hebras β son flechas con grosor, generalmente dibujadas con un cuarto del grosor de su ancho. Estos muestran tanto la dirección como la torsión de la hebra, comenzando en el amino y terminando en el extremo carboxilo. Los bucles moleculares se representan como cuerdas redondas.
Programas utilizados para generar diagramas de cinta
Históricamente, el programa más popular utilizado para generar diagramas de cinta ha sido Molscript . Es un programa de código abierto que puede generar representaciones tanto esquemáticas como más detalladas, y proporciona resultados en una variedad de formatos: PostScript, Raster3D, VRML 2.0, OpenGL interactivo, SGI (también conocido como RGB), JPEG, EPS, PNG y GIF.
Los programas alternativos incluyen UCSF Chimera , que se anuncia a sí mismo como un «sistema de modelado de moléculas extensible» y también se puede descargar gratis para uso académico, gubernamental, sin fines de lucro y personal. Puede generar tanto imágenes estáticas como animaciones.
Referencias
Padlán, Eduardo. Cristalografía de rayos X de anticuerpos. Avances en Química de Proteínas, Vol 49, 1996, Páginas 57-133. Recuperado de https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S006532330860488X 29 de marzo de 2018
Basgal, Monte. Diagramas de cinta.
Recuperado de https://research.duke.edu/ribbon-diagrams el 29 de marzo de 2018
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